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簡(jiǎn)要描述:
詳細(xì)介紹
EUROSCARF 收集中心已建立,用于存放和交付基因組分析網(wǎng)絡(luò)中生成的生物材料。其中包括以下項(xiàng)目:BMBF(325 個(gè) ORF)、EUROFAN I(800 個(gè) ORF)和作為*酵母基因缺失項(xiàng)目(6000 個(gè) ORF)一部分的 EUROFAN II。當(dāng)可用時(shí),含有缺失盒或互補(bǔ)基因的質(zhì)粒也有庫(kù)存。缺失菌株的遺傳背景因項(xiàng)目而異。在許多情況下,您可以選擇不同的遺傳背景。 德國(guó)酵母功能分析項(xiàng)目 在 BMBF(Bundesministerium für Bildung und Forschung)支持的德國(guó)酵母功能分析項(xiàng)目(1994-1997)期間,325 個(gè)基因已被刪除。 15 個(gè)實(shí)驗(yàn)室的合作致力于基因的缺失和缺失菌株的功能分析(Entian 等:Mol Gen Genet 262 (1999) 683-702)。所有缺失均在菌株 CEN.PK2 中完成。由于該項(xiàng)目的早期啟動(dòng),大多數(shù)基因缺失是通過(guò)用營(yíng)養(yǎng)缺陷型標(biāo)記替換感興趣的基因來(lái)實(shí)現(xiàn)的。大約三分之一的缺失是通過(guò) PCR 技術(shù)進(jìn)行的。出于這個(gè)原因,有多種轉(zhuǎn)化標(biāo)記可以用來(lái)替換基因。從這個(gè)項(xiàng)目 EUROSCARF 擁有交配類型和雜合二倍體菌株的單倍體菌株。只有雜合二倍體可用于必需基因。該項(xiàng)目貢獻(xiàn)的菌株可以通過(guò)登錄號(hào)中的前 B 后跟 4 位數(shù)字代碼和終端字母來(lái)識(shí)別。 EUROFAN I |
115 個(gè)團(tuán)體的合作得到了歐盟的支持。該項(xiàng)目始于 1/96,800 個(gè)開(kāi)放閱讀框被刪除和分析。每個(gè)參與實(shí)驗(yàn)室都負(fù)責(zé)刪
除和初步分析六個(gè)基因 (sixpack)。 Wach 等人已經(jīng)制定了刪除策略。 (酵母 10 (1994) 1793-1808)。該策略基于 PCR 片段刪除相應(yīng)的開(kāi)放閱讀框。缺失存在于三種不同的遺傳背景中。必須刪除 FY1679 背景中的所有開(kāi)放閱讀框,與 S288C 同基因,S288C 是釀酒酵母基因組測(cè)序的來(lái)源。除了大多數(shù)基因的缺失之外,在 CEN.PK2 或 W303 中還產(chǎn)生了一組額外的缺失,以證明缺失盒是普遍使用的。在第一階段構(gòu)建的菌株通過(guò)登錄號(hào)中的 5 位數(shù)字代碼后跟對(duì)應(yīng)于菌株交配類型的終端字母來(lái)標(biāo)識(shí)。 根據(jù)EUROFAN I的指導(dǎo)方針,還收集了所有缺失質(zhì)粒。除此之外,對(duì)于大多數(shù)基因,還有用于互補(bǔ)缺失基因的質(zhì)粒。 *基因缺失項(xiàng)目(EUROFAN II) 在*范圍內(nèi),歐洲和海外實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合在 Saccharomyces 基因組缺失項(xiàng)目聯(lián)盟中(Winzeler 等人:Science 285 (1999) 901-906)。歐洲任務(wù)被標(biāo)記為 EUROFAN II。所有構(gòu)建的菌株將由 EUROSCARF 收集。缺失是在與 S288c(其 DNA 序列已確定的釀酒酵母菌株)同基因的遺傳背景中進(jìn)行的。 II期構(gòu)建的缺失菌株均在BY菌株系列的遺傳背景中。 這些菌株的 EUROSCARF 登錄號(hào)與 Saccharomyces 基因組刪除項(xiàng)目給出的記錄號(hào)僅通過(guò)前面的字母 Y 不同。 |
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